Para algunos la rehabilitación equivale a cualquier tipo de terapia y se aplica incluso a métodos pasivos, como compresas húmedo-caliente, ultrasonido, Tens, etc. Pero para que sea rehabilitación real, requiere que el tratamiento esté basado en una valoración detallada de los hallazgos de la exploración del día a día del paciente y/o alumno (a) más que en la disponibilidad de protocolos para categorías generales de diagnostico.

Entre todos los métodos de rehabilitación mediando el ejercicio, Pilates no es una «panacea», pero ha sido pionero en muchos campos terapéuticos actuales.

Advertencias generales: Uno de los peligros de Pilates es su utilización por monitores poco preparados, el resultado suele ser lo que «Romana Kryzanowska» denominó el «Pilates Hueco», que no hace bien ni mal, pero que no sirve para nada. Lo importante es que la rehabilitación en el método Pilates debe ser utilizada siempre por profesionales de la salud, que en cada caso particular determinarán la conveniencia o no de los ejercicios y del protocolo propuesto.